صنعت فرش دستباف خراسان شمالی با وجود پتانسیل‌های فراوان، از مشکلات عدیده‌ای رنج می‌برد که مانع از رسیدن بافندگان به سود مورد انتظار و توسعه‌ی این صنعت شده است. ثبت جهانی فرش کردی و ترکمن این استان، نشان از مهارت بالای هنرمندان آن دارد و تنوع قومیتی، زمینه را برای تولید فرش‌های متنوعی مانند فرش کردی، ترکی، ترکمن و ابریشم دورو (در راز و جرگلان) فراهم کرده است. اما بسیاری از بافندگان، به ویژه در روستاها، از نظر مالی ضعیف بوده و نیازمند حمایت‌های بیشتر هستند.
یکی از مشکلات اساسی، نبود زیرساخت‌های رنگرزی است. کمبود مراکز رنگرزی، بافندگان را به استفاده از رنگ‌های شیمیایی وادار کرده که به کیفیت فرش آسیب می‌زند. در حالی که خراسان شمالی سرشار از گیاهان دارویی رنگزای طبیعی مانند پوست گردو، پوست انار و برگ درخت توت است، عدم وجود صنایع تبدیلی و همچنین کاهش نوغانداری و کمبود درخت توت، استفاده از رنگ‌های طبیعی را با مشکل مواجه ساخته است. مسئولان اداره فرش، پیگیری استفاده از رنگ‌های طبیعی را با جهاد کشاورزی در میان گذاشته‌اند.
کمبود نخ، چالش دیگری پیش روی این صنعت است. گرچه خراسان شمالی جزو ۱۰ استان برتر تولید پشم است، اما به دلیل قیمت پایین پشم، دامداران به چیدن آن تمایلی نشان نمی‌دهند. همچنین کیفیت پشم تولید شده (رنگی و ضخیم) نیز مناسب نیست و ۸۰ درصد نخ مورد نیاز از خارج استان تامین می‌شود. نبود زیرساخت‌های فرآوری پشم، استفاده از پشم دباغی نشده را اجباری ساخته و کیفیت فرش را کاهش می‌دهد. هزینه بالای نخ ابریشم (۴۵ تا ۵۰ میلیون ریال برای هر کیلوگرم) نیز بافندگان را مجبور به استفاده از نخ مصنوعی کرده است. در حالی که استان قطب تولید پیله ابریشم است، بخش زیادی از آن در خارج از استان فرآوری می‌شود. مصرف ماهانه‌ی ۳۰ تن نخ (۱۸ تن پشمی، ۲۰ تن پنبه‌ای و ۲ تن ابریشمی) برای تولید پنج هزار مترمربع فرش در ماه، نشان از میزان بالای نیاز به این ماده اولیه دارد.
عدم اصالت طرح و نقش از دیگر مشکلات است. کپی‌برداری از طرح‌های فرش تبریز و کاشان، مانع از توسعه‌ی برند فرش خراسان شمالی شده و به صادرات آسیب می‌زند. برای حل این مشکل، انجمن طراحان فرش خراسان شمالی تشکیل شده و دوره‌های آموزشی رنگرزی برگزار می‌شود. مشکلات صادرات شامل تحریم‌ها و تعهدات ارزی نیز بر این صنعت تاثیر گذاشته است.
بیمه، دغدغه‌ی اصلی بافندگان است. از ۲۷ هزار بافنده‌ی دارای کارت قالی‌بافی، تنها ۲۳۴۰ نفر تحت پوشش بیمه هستند (۸۷ درصد فاقد بیمه). سیستم فعلی بیمه، تنها با حذف یک بیمه شده، امکان اضافه کردن فرد جدید را می‌دهد. حدود ۵۰ هزار نفر به طور مستقیم یا غیر مستقیم در صنعت فرش خراسان شمالی مشغول به کار هستند که ۶۰ درصد آنان در روستاها زندگی می‌کنند. ماهانه ۲۰۰ مترمربع فرش تمام ابریشم، ۳۰۰ مترمربع فرش ظریف کرک و ابریشم، ۱۵۰۰ مترمربع فرش تجاری، ۲۰۰۰ مترمربع فرش درشت بافت، ۳۰۰ مترمربع گبه و ۱۰۰ مترمربع تابلوفرش در استان تولید می‌شود. ۸۵ واحد تولیدی فعال و ۱۵۷۰۲ بافنده دارای کارت صلاحیت فنی و حرفه‌ای در استان وجود دارند.
صنعت فرش‌بافی در خراسان شمالی، با وجود قدمت و شهرتی دیرینه، امروزه با چالش‌های متعددی دست‌وپنجه نرم می‌کند. یکی از مهم‌ترین این چالش‌ها، کمبود و یا فقدان مواد اولیه مرغوب به ویژه نخ و رنگ‌های طبیعی با کیفیت است. نخ‌های مصنوعی که امروزه به وفور در دسترس قرار دارند کیفیت و دوام نخ‌های پشمی سنتی را ندارند و به همین دلیل، فرش‌های بافته شده با این نخ‌ها از زیبایی، استحکام و ماندگاری پایین‌تری برخوردارند. استفاده از نخ‌های نامرغوب منجر به کاهش ارزش افزوده فرش و در نهایت ضربه به اقتصاد منطقه می‌شود. این مساله به‌ویژه برای فرش‌های دستباف که ارزش و اعتبار خود را مدیون کیفیت مواد اولیه هستند، بسیار حساس و آسیب‌زننده است.
مشکل دیگر، کمبود رنگرزی‌های سنتی و حرفه‌ای است. رنگ‌های شیمیایی، اگرچه در دسترس‌تر و ارزان‌تر هستند، اما زیبایی و طراوت رنگ‌های طبیعی را ندارند و به مرور زمان، کیفیت و درخشندگی خود را از دست می‌دهند. رنگرزی سنتی، که از گیاهان و مواد طبیعی بهره می‌برد، یک هنر و دانش ارزشمند است که در حال فراموشی و جایگزینی با روش‌های صنعتی است. از دست رفتن این دانش بومی، ضربه بزرگی به اصالت و هویت فرش خراسان شمالی خواهد زد و به کاهش تقاضا برای فرش‌های دستباف با کیفیت منجر خواهد شد. احیای رنگرزی سنتی از طریق آموزش و حمایت از استادکاران این حوزه، یکی از الزامات کلیدی برای بهبود کیفیت و ارزش افزوده فرش‌های این منطقه محسوب می‌شود.
علاوه بر کمبود نخ و رنگ، چالش‌های دیگری نیز صنعت فرش‌بافی خراسان شمالی را تحت تاثیر قرار داده است. این چالش‌ها شامل مشکلات مربوط به بازاریابی و فروش، رقابت با محصولات ماشینی ارزان‌قیمت، عدم حمایت کافی دولت و نهادهای مسئول، و کمبود نیروی کار ماهر می‌شود. به دلیل نبود پشتیبانی کافی، بسیاری از بافندگان از این حرفه خارج می‌شوند و دانش و مهارت خود را به نسل بعدی انتقال نمی‌دهند و این امر به تدریج به انقراض این هنر ارزشمند منجر می‌شود. بنابراین، راهکارهای متنوع و مستمر برای حمایت از این صنعت و حل مشکلات اساسی آن ضروری به نظر می‌رسد. این راهکارها می‌تواند شامل حمایت از بافندگان از طریق ارائه تسهیلات مالی، بازاریابی محصولات و آموزش و انتقال دانش و مهارت به نسل‌های آینده باشد.